Hra nasleduje príbeh Assassina (zabijáka) Altaira ktorý plní svoj epický quest, potom ako padla jeho hodnosť v združení zabijakov, keď zlyhal v zabití vodcu templárov Roberta De Sableho a získania legendárneho templárskeho pokladu. Sinan, vodca Assassinov, ponúkne Altairovi ponuku očistiť svoje meno. Altair musí cestovať do Svätej Zeme (Holy Land) a zabiť nové ciele.
Na začiatku herného príbehu Richard Levie Srdce práve opäť získal prístavne mesto Acre s pod nadvlády Saracénov. A križiaci ďalej postupujú na juh do Jeruzalemu čo je ich hlavný cieľ. Avšak Saladin, vodca Saráncskej armády má nadvládu nad Jeruzalemom nedovolí Richardovi, aby ho zase porazil a so svojou armádou na neho čaká v ruinách Fortress Arsuf, aby ho prepadol a nedovolil mu zmocniť sa Jeruzalemu.
Kým Richard a Saladin sú vo vojne, iní začnú pripravovať svoje plány, aby prebrali vládu. V tomto chaotickom období musí náš hrdina Altair odstrániť týchto najaktívnejších. A tu začína Altairova misia. Počas cesty však príde na to, že nemá na starosti obyčajné ciele, ale sú spolu prepojené v skupine blízkej Assassinom a nejde im len o peniaze. Ich skutočný plán sa dozviete počas hry.
